La importancia del lavador de microplacas radica en que durante el ELISA un lavador de microplacas se encarga de eliminar el material no unido y los reactivos que no han reaccionado. El lavado es una etapa crítica en el desempeño de la técnica.
Es sumamente esencial no solamente respetar el número de ciclos de lavado y los volúmenes de buffer en cada pocillo. El tiempo de remojo está estandarizado para reducir las interferencias producidas por las muestras, así como para también eliminar el conjugado no unido específicamente a la reacción, y su objetivo es brindar el suficiente tiempo para permitir la difusión de los componentes a eliminar en el buffer, haciendo así más óptimo el rendimiento del lavado. Entre los procesos de lavado llevados a cabo en el lavador de microplacas de ELISA se pueden mencionar los siguientes: aspiración de arriba hacia abajo, aspiración y dispensación simultáneas y la aspiración desde el fondo de los pozos.